Убрать водяной знак

Никак, и он не делает вид, что понимает. Водяной знак это обычный объект страницы, поэтому инструмент ищет поведение: один и тот же объект на одном и том же месте на большинстве страниц, объект, нарисованный бледно, или объект под углом. Каждый кандидат попадает в список с указанием причины. Бледные и наклонные отмечены сразу, потому что этот признак относится к самому объекту; то, что просто повторяется, остаётся неотмеченным, потому что колонтитул или номер страницы повторяется столь же исправно.

Нет, и никакой другой инструмент этого не сможет, не придумав то, что было под ним. В скане метка состоит из тех же пикселей, что и текст, поэтому удалять отдельно нечего. Инструмент прямо говорит, какие страницы являются сканами, вместо того чтобы молча ничего не делать.

Исчез из файла. Объект удаляется из документа, затем сохранённые байты открываются заново, чтобы подтвердить две вещи: метки больше нет, и каждый символ и каждый объект, который вы не выбирали, стоит ровно там, где стоял. Если страница не проходит эту проверку, её содержимое остаётся нетронутым, и результат об этом сообщает.

Это зависит от документа и от вас, а не от нас. Убрать штамп черновика из собственного файла или пометку образца из того, что вы купили, обычное дело; снять уведомление об авторских правах с чужого документа нет. Этот инструмент не задаёт вопросов, поэтому применяйте его к документам, которые принадлежат вам или которые вы вправе изменять.